В зоологии настольный растровый электронный микроскоп (РЭМ) может применяться для наблюдения ультрамикроструктуры поверхности сложных глаз и ротовых органов насекомых, чешуек на поверхности тела, клещей и других мелких членистоногих, для морфологической идентификации тела паразитов и спор, анализа микроструктуры чешуи и кожи на поверхности тела модельных организмов, таких как Danio rerio, наблюдения морфологии срезов костей и тканей животных, а также для исследования морфологических особенностей ротовых органов, усиков, ног и других структур при взаимодействии насекомых и растений. Режим визуализации в низком вакууме и возможность детектирования обратнорассеянных электронов позволяют быстро получать изображения сухих или просто обработанных образцов животных без сложного напыления.
