Настольный растровый электронный микроскоп (РЭМ) в ботанике может применяться для микроскопического наблюдения поверхностных и внутренних структур, таких как устьица и трихомы листьев, скульптура экзины пыльцевых зёрен, прорастание пыльцы и процесс опыления, интерфейс взаимодействия растений и насекомых, трахеиды древесины и мембраны пор. Его режим низкого вакуума и возможность получения изображений в обратнорассеянных электронах позволяют быстро получать изображения свежих или влажных растительных образцов без сложной фиксации, сушки и напыления. Подготовка образцов проста, а порог освоения низок, что делает его подходящим как для исследований по морфологии растений, таксономии и репродуктивной биологии в вузах и научно-исследовательских институтах, так и для повседневных наблюдений и научно-популярных демонстраций в области сельскохозяйственной селекции, науки о древесине и преподавания ботаники.
